Ich hatte folgendes in meinem Shellprofil stehen:

# Für Java.  Swing/JFC arbeitet sonst nicht mit AIGLX zusammen.  
 
AWT_TOOLKIT=MToolkit  
 
export AWT_TOOLKIT  
 

Mit Suns Java 6 war dieser Workaround für AIGLX-Kompatibilitätsprobleme noch okay. OpenJDK hingegen klagt über die Absenz des Motif-basierten Backends:

Exception in thread "main" java.lang.UnsatisfiedLinkError: Can't load library: /usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre/lib/i386/motif21/libmawt.so  
 

Es empfiehlt sich also, die AWT_TOOLKIT-Variable zu leeren, wenn man auf OpenJDK umsteigen möchte. Ob die Notwendigkeit auch nicht mehr gegeben ist, kann ich nicht sagen. AIGLX habe ich derzeit nicht aktiviert.